Шубин был взят под стражу в феврале 2013 года. Его обвиняли в растрате, мошенничестве и легализации денежных средств, приобретенных в результате преступления. По версии следствия, Шубин, являясь генеральным директором, членом совета директоров и фактическим собственником ОАО «Колэнергосбыт», создал организованную преступную группу, которая осуществляла хищения денежных средств в особо крупном размере, принадлежащих поставщикам электроэнергии Мурманской области, и последующую легализацию данных денежных средств.
С 2008 по 2012 год под руководством Шубина преступная группа похитила свыше миллиарда рублей, причинив поставщикам электроэнергии ущерб в особо крупном размере. Похищенные средства, по мнению следствия, перечислялись на счетах десятков подконтрольных ему организаций, часть из которых зарегистрирована в зарубежных офшорных зонах.
В августеОктябрьский районный суд города Мурманска приговорил Геннадия Шубина к 12 годам лишения свободы и штрафу в два миллиона рублей, а также лишил права занимать руководящие должности.